Η εγκύκλιος 4/2013 αναφέρει ένα σχετικό παράδειγμα:
"ΠΑΡΑΔΕΙΓΜΑ:Σε εκτός σχεδίου περιοχή είχε εκδοθεί άδεια για καταστήματα/γραφεία με επιτρεπόμενη δόμηση 600τ.μ.. Σε όλο το κτήριο αυτό έγινε αυθαίρετη αλλαγή χρήσης σε κατοικίες, συμπεριλαμβανομένης της στάθμης του υπογείου. Έστω ότι η επιτρεπόμενη δόμηση για κατοικίες στο συγκεκριμένο γήπεδο εκτός σχεδίου είναι 200τ.μ..
Το πρόστιμο θα υπολογιστεί ως εξής:
Για την επιφάνεια των 200τ.μ. εφαρμόζεται η §5 του άρθρου 18.
Για την επιπλέον της επιτρεπόμενης δόμησης για χρήση κατοικίας επιφάνεια των 400τ.μ. εφαρμόζεται συντελεστής αλλαγής χρήσης. Για την επιφάνεια της υπόγειας στάθμης που έχει μετατραπεί σε κατοικία συντελεστής υπέρβασης δόμησης.

Ο συντελεστής αλλαγής χρήσης (που επιβάλλεται στην επιφάνεια που έχει γίνει αυθαίρετη αλλαγή χρήσης από κύρια σε κύρια, η οποία όμως αντίκειται στις ισχύουσες διατάξεις ως προς το επιτρεπόμενο μέγεθος της συγκεκριμένης χρήσης) εφαρμόζεται στην επιφάνεια που προκύπτει μετά την αφαίρεση της επιφάνειας της εξωτερικής τοιχοποιίας, στην περίπτωση που η νομιμότητά της καλύπτεται από την οικοδομική άδεια, καθώς και των κλιμακοστασίων με τους χώρους διέλευσης που τα εξυπηρετούν (π.χ. διαδρόμους) και των χώρων υγιεινής, στην περίπτωση που η χρήση τους διατηρείται και δεν μεταβάλλεται. Εκτός των ανωτέρω εξυπακούεται ότι σε κάθε περίπτωση εφαρμόζονται οι συντελεστές του Παραρτήματος του Ν.4178/2013 (1) με οικοδομική άδεια, (2) εντός σχεδίου/οικισμού ή εκτός σχεδίου, (3) Είδος χρήσης και οι λοιποί συντελεστές του Παραρτήματος του Ν.4178/2013 κατά περίπτωση."

Για το Φύλλο Καταγραφής 1 και βάσει του παραπάνω παραδείγματος συμφωνώ με τον τρόπο αντιμετώπισης που παραθέτεις.
Για το Φύλλο Καταγραφής 2 θα έβαζα συντελεστή υπέρβασης δόμησης (5α), όσο δεν έχει γίνει ενημέρωση του φακέλου για τη μείωση της δόμησης.
Απ' τη στιγμή όμως που το πρόστιμο δεν μεταβάλλεται ό,τι και αν επιλέξεις δεν έχει νόημα να ασχολούμαστε παραπάνω.